iLeo's Blog

Testing your memory using memtest

Leonard — Wed, 04 Aug 2010 09:02:42 +0000

Not yours, actually, but your Mac’s memory. I recently got two 4 GB modules (yes, that’s 8 GB of memory… wow!) and wanted to see if they are OK. Faulty memory modules may cause system crashes and all kinds of weird behaviour. The program that can be used for this purpose is memtest which seems to be freely available with a GPL license but the official download website asks to pay a small amount for downloading it. However, there are alternative download sites and even alternative frontends to the memtest command line tool.

IDL and page orientation

Leonard — Fri, 09 Jul 2010 14:38:55 +0000

In case you ever want to rotate a postscript file that’s in seascape orientation into ordinary landscape orientation, e.g. because IDL produces postscript files that are seascape, you can use this command for ghostscript:

gs -dBATCH -dNOPAUSE -sOutputFile=pstest.pdf -sDEVICE=pdfwrite “-dAutoRotatePages=/None” -c “<< /Orientation 1 >> setpagedevice” 0 rotate 0 0 translate -f pstest.ps

gs -dBATCH -dNOPAUSE -sOutputFile=pstest.pdf -sDEVICE=pdfwrite "-dAutoRotatePages=/None" -c "<< /Orientation 1 >> setpagedevice" 0 rotate 0 0 translate -f pstest.ps

where of course pstest.pdf and pstest.ps are the names of the files.

A more convenient way is to rotate within IDL, though, e.g. by using David Fanning’s fixps.pro.

iOS 4 with free iPhone: Tethering still possible

Leonard — Tue, 22 Jun 2010 22:04:37 +0000

I didn’t find on the internet whether Apple’s new iOS 4 would still allow Tethering for free iPhones, e.g. iPhones bought in Italy (like mine) and used with any SIM card. So I had to try out myself to find out: It does.

Opas Kartoffelsalat

Leonard — Sun, 20 Jun 2010 16:35:59 +0000

Auf mehrfache Nachfrage hin poste ich hier das Rezept nach dem ich Kartoffelsalat mache. Ich habe es von meinem Opa, Kurt Brüggeller.

Zutaten

4 mittelgroße speckige Kartoffeln (pro Person)
rote Zwiebeln
Essiggurken, süß-sauer
Senf
Kren (Meerrettich), am besten pur also kein” Gourmet-Sahne-Meerrettich” o.ä.
Salz, Pfeffer, je nach Geschmack etwas Petersilie
Raps- oder Sonnenblumenöl
Apfelessig
Evtl. mit Garnitur: hartgekochtes Ei, Schnittlauch, (Cocktail-)Tomaten

Zubereitung

Kartoffeln kochen, auskühlen lassen, schälen, fein blättrig schneiden. Zwiebeln und Essiggurken fein schneiden, alles gut mischen. Abschmecken, mindestens drei Stunden in den Kühlschrank. Dort ziehen die Kartoffeln viel Wasser, daher darf der Salat vorher ruhig recht feucht sein, damit er am Schluss nicht zu trocken wird.

Guten Appetit!

Most annoying feature of the month: autocomplete=off

Leonard — Mon, 10 May 2010 20:36:33 +0000

Thank you, dear browser developers, for trying hard to protect us innocent web surfers from the evils of the web. While features such as phishing protection might really be helpful, another very widely used, but seldomly recognised, feature isn’t. I am talking about the “autocomplete=off” feature here that prevents website to save login credentials in a system-wide password-manager (such as Keychain under Mac OS X). Meant to protect banking websites and other high-security sites, some webmasters apparently feel a need to use it for trivial-use websites such as Google or Deutsche Bahn. This is both annoying and dangerous. Annoying it is of course because it requries you to look up the password everytime you want to log in to that website. Dangerous it is, because people then might store passwords again in un-protected lists and / or copy-paste their login data to the form thereby making the data more easily accessible by intruders.

Solution? As in many cases: Use Firefox. While there seem to be some work-arounds to fix this annoying feature for older versions of Safari, newer versions of WebKit (the HTML engine underlying Safari) don’t seem to be patchable this way. However, with Firefox together with the add-on Greasemonkey, you can use scripts to enhance your surfing experience. The script re-enable_password_manager by andunix did the job for me. Now the Deutsche Bahn website opens again with login data pre-filled — as it should.

One final note about Greasmonkey: Don’t let yourself be confused by the options that it offers you when adding a new script. In case it did nevertheless, this Stackoverflow webpage might help clarify things.

Convert multiple ps files into pdf using ps2pdf

Leonard — Tue, 20 Apr 2010 12:11:38 +0000

Unfortunately ps2pdf doesn’t allow that. But with a script as simple as that it will convert all ps files in your working directory into pdf and delete the original files:

#!/bin/bash

## Written by Leonard Burtscher (burtscher@mpia.de)

## 20 Apr 2010

## PURPOSE

## To transform all ps files of a directory into pdf using ps2pdf

## Then delete all ps files

filelist=`(find . -name \*.ps)`

for i in $filelist; do

ps2pdf $i

rm $i

echo ‘Converted $i into pdf, deleted original file.’

done

#!/bin/bash

filelist=`(find . -name \*.ps)`

for i in $filelist; do

        ps2pdf $i

        rm $i

        echo 'Converted $i into pdf, deleted original file.'

done

On the plural of AGN

Leonard — Wed, 24 Mar 2010 13:29:35 +0000

In the current view of galaxy formation and cosmology most galaxies undergo phases of high nuclear activity, where they accrete lots of matter (compared to their Eddington accretion rate) and shine brightly. Such an object is then called an Active Galaxy and the thing in the center that actually shines and where lots of other stuff is happening is called an Active Galactic Nucleus or AGN.

Now how would call two of such objects? Certainly they are Active Galactic Nuclei, since the latin word nucleus (o-declination) has a plural ending of -i in the nominative.

However, this does not mean that the plural of AGN necessarily must be AGN, AGNi or some other funny, but counter-intuitive, abbreviation.

AGNs is also a grammatically valid plural form of AGN. This is because the term AGN is so widely used that it itself has actually become lexicalized, i.e. it has become a word by itself. And since standard English words get an ’s’ in the plural, the plural of AGN is therefore AGNs.

Working in multiple locations

Leonard — Tue, 16 Feb 2010 18:57:09 +0000

I guess it becomes more and more usual to work not only in one place but have your office wherever you are. Since years I find it extremely practical to have all my data on one mobile computer (a MacBook Pro, currently) and work with this laptop in various locations. But different locations require different computer settings: The network setup may change, the printer system as well, the filesystem you’re connected to can be different as well as many other things. Since I found it annoying to always have to change all these things by hand, I put in place a set of scripts with which all setttings can be changed from one location to another with one simple shell command. When I get to my institute, I call a script called switchmpia.sh which looks like this:

#!/bin/bash

rm ~/.bash_profile

ln -s ~/.bash_profile_mpia ~/.bash_profile

sudo mv /etc/cups/client.conf.off /etc/cups/client.conf

switch_network_mpia.osascript

echo “************** Network environment set to home ******************”

echo “************** Environment set to MPIA ***************”

echo “Printer settings only become effective after restart of applications.”

#!/bin/bash

rm ~/.bash_profile

ln -s ~/.bash_profile_mpia ~/.bash_profile

sudo mv /etc/cups/client.conf.off /etc/cups/client.conf

switch_network_mpia.osascript

It changes the default .bash_profile to one that has some institute-specific settings (see below), changes the CUPS settings (so that I can use my USB printer at home and the CUPS network printers in my institute) and calls an Apple Script that changes my Mac’s network settings (see below).

My .bash_profile_mpia looks like this:

export MIDIDATA=/Volumes/astrodata/MIDIDATA

# …

echo “Environment: MPIA”

source ~/.bash_profile_generic

It sets a number of environment variables that I use in my scripts to values appropriate for the disks that I have available in my office, then it calls my generic .bash_profile.

The above mentioned Apple Script switch_network_mpia.osascript looks like this:

#!/usr/bin/osascript

tell application “System Events” to tell (process 1 whose frontmost is true) to click menu item “MPIA” of menu 1 of menu item “Umgebung” of menu 1 of menu bar item 1 of menu bar 1

It changes my Mac’s network location (which uses a German localization) to the settings for my institute (setting mainly the correct proxy servers). A good website to learn how Apple Script can help you with scripting system preferences was macosxautomation.com. The Apple Script was the most tricky bit for me and I was happy to receive very helpful comments from Pierre L. in Apple’s discussion forum for this (see the link for more information about this). Thanks again, Pierre L.!

Kontamination durch Gen-Partikel?

Leonard — Sun, 24 Jan 2010 16:07:05 +0000

Ein Leserbrief an die Frankfurter Rundschau (FR) über die aktuelle Berichterstattung über die Falschdeklaration von Baumwolle. Baumwolle, die von transgenen Pflanzen stammte wurde als “Bio” gekennzeichnet und das wurde in der FR zum Skandal ausgestaltet. Ich finde diese Einschätzung unwissenschaftlich und überzogen und habe daher soeben folgenden Leserbrief abgeschickt:

Sehr geehrte Damen und Herren,

seit etwa zwei Monaten beziehe ich die FR in einem Test-Abo und bin enttäuscht über die teilweise tendenziöse und unwissenschaftlich-polemisierende Diskussion aktueller Themen. Konkret geht es mir um die Berichterstattung in der aktuellen Wochenendeausgabe vom 23./24. Januar 2010 über den Vorfall, dass als “Bio” gekennzeichnete Kleidung in den Handel gekommen ist, die mit “Gen-Partikeln kontaminiert” ist (S. Börnecke: “Der Webfehler”, S. 13). Hier wird mit Begriffen und Ängsten gespielt, die der Sachlage überhaupt nicht gerecht werden. Die Schreibweise zeugt außerdem von fundamentalen Wissenslücken in den Grundlagen der Biologie.

Während die (Unter-)Überschriften immerhin noch den tatsächlichen “Skandal” benennen, nämlich lediglich einen (unlauteren, aber harmlosen!) Etikettenschwindel, wird in den Texten unterstellt, dass hier die dummen (”oft Analphabeten”, S. Börnecke: “Ein fast schon vollendeter Siegeszug”) indischen Bauern Saatgut kauften, das irgendwie gefährlich ist. Herr Börnecke versäumt dabei aber zu zeigen, was genau gefährlich ist an dieser “Kontamination” (S. Börnecke: “Ein fast schon vollendeter Siegeszug”).

Ein Greenpeace-Mitarbeiter wird zitiert mit der Aussage, dass eine erste Insektenart gegen das von der transgenen Baumwolle produzierte Bt resistent geworden ist. Aber ist das relevant? Ist es überhaupt eine Schädlingsart? Und ist die Resistenz wirklich durch die Bt-Pflanzen entstanden oder vielleicht eher durch den unvorsichtigen (gentechnikfreien!) Einsatz des Bt-Toxins? Später schreibt Herr Börnecke in demselben Artikel, dass es zur “Pollenvermischung” zwischen verschiedenen Baumwoll-Sorten kommen könne, ohne zu erkennen, dass dies genauso der “Logik der Natur” entspricht wie o.g. Resistenzbildungen.

Blätter man weiter, liest man auf Seite 4 über einen Zwischenfall in einer Urananreicherungs-Fabrik. Die Terminologie ist erschreckend ähnlich derer auf den zwei Seiten davor. In Anbetracht der realen Gefahren bei der Arbeit mit Uranhexafluorid und der lediglich eingebildeten Gefahren beim Anziehen eines Pullovers aus Bt-Baumwolle, erscheint die relative Gefahrendarstellung in den entsprechenden Artikeln völlig verzerrt. Im Kommentar auf S. 13 wird ferner durch den Vergleich dieses Vorfalls mit gefälschter “Bio”-Kennzeichnung von Hendl und Weizen impliziert, dass der Kunde durch das Anziehen eines Pullovers mit “Gen-Partikeln” (was immer das genau sein soll!) möglicherweise gesundheitliche Nachteile erleidet.

In Ihrer Internet-Präsenz wird die Fakten-Verdreherei dann aber ins Unanständige gesteigert: In “Tödliche Felder” wird unterstellt, dass Bauern sich das Leben nähmen, wenn sie das teure Bt-Saatgut nicht mehr bezahlen können. Wieso übernehmen Sie diese Propaganda-Information von Gentechnik-Gegnern so ungeprüft? Dazu gibt es aktuelle wissenschaftliche Studien, die diesen Zusammenhang nicht nachweisen können:

Gruère, G., Mehta-Bhatt, P., Sengupta, D. (2008): Bt Cotton and Farmer Suicides in India. Reviewing the Evidence. IFPRI Discussion Paper No. 808. Washington, DC.

In “Klamotten in Verruf” (S. Hamacher u.a., S.2) widerspricht Frau Hamacher sich dann selbst — offenbar ohne es zu bemerken! Denn das “Organic Label” bezeichnet laut ihrem Artikel ja genau ”Baumwolle, die ohne den Einsatz schädlicher Chemikalien angebaut wurde”. Aber genau das ist doch die transgene Baumwolle! Dabei würde ein kurzer Blick in ein aktuelles Nachschlagewerk, z.B. die Wikipedia, genügen, um eine Auflistung wissenschaftlicher Studien zu finden, die nachweisen, dass der Einsatz von Bt-Baumwolle zu dramatischen Reduktionen von (tatsächlich giftigen) Chemikalien führen kann, etwa

Huang, J., Hu, R., Pray, C., Qiao, F., Rozelle, S. (2003): Biotechnology as an alternative to chemical pesticides: a case study of Bt cotton in China. Agricultural Economics. Vol.29, pp. 55–67.

Dies führt dann wiederum zu weniger Vergiftungstoten (in China laut Wikipedia ”geschätzte 500 Tode und 45.000 schwere Erkrankungen pro Jahr”):

Pray, C., Huang, J., Hu, R., Rozelle, S. (2002): Five Years of Bt Cotton in China – The Benefits Continue. The Plant Journal. Vol. 31, pp. 423-430. doi:10.1046/j.1365-313X.2002.01401.x

Hossain, F., Pray, C., Lu, Y., Huang, J., Hu, R. (2004): Genetically modified cotton and farmers’ health in China. International Journal of Occupational and Environmental Health. Vol. 10, pp. 296–303.

Wer diese Fakten außer Acht lässt und nur den naturfremden esoterisch-postmodernen Wunsch mancher Leute im Sinn hat, möglichst “natürliche” Produkte zu verwenden, dem kann ich sein Gutmenschentum leider in keiner Weise abnehmen.

Ich wünsche mir von meiner Tageszeitung eine ausgewogene, wissenschaftlich-fundierte Darstellung gerade auch umstrittener Themen, bei der mehr Wissenschaftler und weniger Meinungsmacher zu Wort kommen!

Mit freundlichen Grüßen,
Leonard Burtscher

Privacy of letters

Leonard — Thu, 14 Jan 2010 22:25:24 +0000

I recently got a letter back that I had sent to an outdated address. The envelope was a little bit damaged and on the backside I found a note that the letter had been received damaged back in Eppelheim (where I live). Interestingly there was also a signature testifying this. I take this as evidence as how important privacy of letters is actually treated.

Recipient unknown -- letter not opened